Nama ini berasal dari sejenis kerang kupang yang banyak terdapat di perairan Johor. Di buka pertama kali tahun 1839. Menurut cerita, dulunya tempat ini dihuni boleh seorang petualang dari Sumatera yang mempunyai ilmu harimau jadi-jadian. Tahun 1920 orang tersebut dikabarkan hilang dan hanya ditemukan makam keramat di tempat itu yang bernama Keramat Sekupang. Dulu daerah Sekupang juga di sebut Sungai Pembunuh. Karena banyak nya lanun atau perompak yang di hukum mati oleh algojo. Sehingga berganti nama dengan sungai harapan. Di kawasan ini dulu terdapat sungai yang telah berubah jadi bendungan yang bersebelahan dengan Rumah Sakit Otorita Batam.

Sekarang Sekupang juga terkenal dengan tempat pelabuhan Ferry Nasional dan Internasional.