Penggunaan trasportasi pesawat untuk negara kepulauan seperti Indonesia sangatlah penting. Lion Air merupakan salah satu maskapai penerbangan yang cukup berkembang dan telah mengudara lebih dari 13 tahun. Tetapi Lion Air sendiri memiliki catatan kecelakaan pesawat yang cukup banyak, diantaranya:
14 Januari 2002
Lion Air dengan nomor penerbangan 386 PK-LID dengan jenis pesawat 737-200 rute Jakarta-Pekanbaru-Batam, gagal mengudara dan terperosok setelah badan pesawat Lion Air meninggalkan landasan pacu di Bandara Sultan Syarif Kasim II, Pekanbaru, Riau, lebih dari lima meter. Dalam kecelakaan pesawat Lion Air tersebut 7 orang penumpang mengalami luka berat dan ringan.
30 November 2004
Lion Air dengan nomor penerbangan 538 PK-LMN dengan jenis pesawat MD-82 rute Jakarta-Solo-Surabaya, tergelincir saat mendara di Bandara Adisumarno, Solo. Dalam kecelakaan Lion Air tersebut 26 penumpang tewas.
10 Januari 2005
Lion Air dengan nomor penerbangan 789 dengan jenis pesawat MD-82 rute gagal mengudara di Bandara Wolter Monginsidi, Kendari akibat salah satu ban pesawat Lion Air kempes.
6 Mei 2005
Lion Air dengan nomor penerbangan 778 dengan jenis pesawat MD-82 rute Makassar, pecah ban saat mendarat di Bandara Sultan Hasanuddin, Makassar. Pilot Lion Air terpaksa menghentikan pesawat di landasan pacu sebelum mencapai lapangan parkir.
4 Maret 2006
Lion Air dengan nomor penerbangan 8987 dengan jenis pesawat MD-82 rute Denpasar-Surabaya, tergelincir saat mendarat di Bandara Juanda, Surabaya yang disebabkan cuaca buruk.
2010 dan 2011
Tercatat 3 kali kejadian pendaratan pesawat Lion Air yang tidak mulus
30 Desember 2012
Lion Air terkelincir di Bandara Supadio, Pontianak dikarenakan roda sebelah kanan pesawat Lion Air amblas.
13 April 2013
Lion Air dengan nomor penerbangan JT 904 dengan jenis pesawat Boeing 737-800 NG rute Bandung-Denpasar, jatuh di ujung landasan pacu Bandar Ngurah Rai, Denpasar. Seluruh penumpang selamat.